O efeito da infecção pelo fungo P. pachyrhizi causa um rápido amarelamento ou bronzeamento das folhas, ocasionando a queda prematura das mesmas. Não é comum a infestação dos sintomas antes do estádio de desenvolvimento R4, sendo que no estádio R5, encontra-se o ponto crítico. Quanto mais cedo ocorrer a desfolha, menor será o grão, ocasionando perda de rendimento e qualidade dos mesmos. Em casos severos, quando a soja é atingida pela doença na fase de formação das vagens, ocorre o abortamento, e a conseqüente queda das vagens. Ocasionando assim perdas entre 10 a 80%, ou o total do rendimento quando a incidência for muito agressiva. Os efeitos da ferrugem podem ser minimizados com o escalonamento do plantio. A soja plantada cedo, e sendo (precoce) deverá sofrer menos os efeitos da ferrugem, devido a menor quantidade de esporos do fungo no ar. O fungo não é transmitido via semente ou grãos. (Wendel Seixas, Diário da manhã).