As lesões nas folhas de cultivares suscetíveis são predominantemente castanho-claro (“TAN”), podendo ocasionar crestamento foliar, quando em alta incidência. Em cultivares resistentes ou tolerantes, as lesões predominantes são de cor castanho-avermelhado (RB).

Os sintomas iniciam-se nas folhas inferiores (adaxiais) e são caracterizados pelo aparecimento de pontos minúsculos de no máximo 1,2 mm de diâmetro, de coloração esverdeada a cinza-esverdeada, porém mais escuros do que o tecido sadio da folha. Devido ao hábito biotrópico do fungo em nutrir-se do tecido vivo das plantas, em cultivares suscetíveis, a morte das células ocorre somente após abundante esporulação. Por isto a difícil visualização das lesões neste estádio. À medida que ocorre a morte dos tecidos infectados as manchas aumentam de tamanho e adquirem uma coloração castanho-avermelhado.
No lado abaxial da folha, no local correspondente aos pontos descritos na parte adaxial, observa-se minúsculos pontos, tipo protuberâncias, também chamadas de pústulas, que vão adquirindo coloração castanho-clara a castanho-escura. Estas estruturas são de frutificação do fungo ou urédias, onde se encontram as partículas infectadas ou uredosporos. Os uredosporos inicialmente de coloração cristalina, tornam-se beges e acumulam-se ao redor dos poros, ou são carregados pelo vento.

Os sintomas da ferrugem asiática da soja podem ser facilmente confundidos com os sintomas iniciais da mancha parda, causada pelo fungo (Septoria glycines), doença esta que pode ocorrer tanto no início quanto no final do ciclo. Em ambos os casos as folhas infectadas amarelam, secam e caem. As semelhanças das doenças de final de ciclo (mancha parda e crestamento foliar de cercospora) com a ferrugem asiática, e o uso de fungicidas para o controle destas doenças, podem ter feito com que a ferrugem não fosse identificada anteriormente. Outra doença que pode causar confusão sintomática é o crestamento bacteriano (Pseudomonas savastanoi pv. glycinea).