Existem vários tipos de plantas transgênicas à disposição no mercado, cada uma delas oferecendo diferentes características, como resistência a herbicidas químicos, a insetos predadores ou a viroses que atingem as lavouras.

O cultivo de plantas resistentes a herbicidas químicos resulta em áreas muito extensas de monoculturas resistentes a apenas um determinado agrotóxico. A utilização em larga escala de um herbicida químico gera o risco de contaminação, empobrecimento do ecossistema da área cultivada e de extermínio de lavouras não-transgênicas próximas.

As plantas transgênicas resistentes a insetos produzem toxinas que afetam apenas algumas espécies predadoras, de modo que as lavouras continuem suscetíveis às demais pragas, permanecendo a necessidade de utilização de pesticidas químicos. A diminuição violenta ou o desaparecimento das espécies de insetos afetadas pelas toxinas das plantas transgênicas podem desencadear um desequilíbrio na cadeia alimentar, causando perda da biodiversidade. Existe também o risco de desenvolvimento de resistência à toxina pelas espécies-alvo, o que já ocorreu amplamente com os pesticidas químicos.

A resistência a viroses é obtida através da inserção de genes virais no genoma da planta. A utilização dessa técnica pode levar a uma recombinação entre os genes virais inseridos e os genes dos vírus que venham a infectar as plantas, podendo levar ao surgimento de novos e mais violentos tipos de vírus.