Transporte em geral, é um negócio que é bastante impulsionado pelo mercado de soja e este complexo, é dependente do transporte em três fases:

• Transporte entre o produtor e a industria de esmagamento ou armazenagem do produto;
• Transporte do grão armazenado para a indústria de processamento ou dos armazéns e indústrias para a exportação;
• Transporte dos produtos derivados de soja com destino ao mercado interno e externo.

A falta de hidrovias e a insuficiência de ferrovias fazem com que o sistema rodoviário seja o mais utilizado. No entanto, este sistema esbarra na precariedade das estradas brasileiras, o que eleva o seu custo.

Outra característica importante quanto ao custo do transporte rodoviário consiste na diferença no custo/km praticado. Para deslocamentos curtos, dentro do Estado o custo/Km é mais elevado devido a falta de concorrência entre transportadoras. Para deslocamentos longos, entre um Estado e outro, há maior concorrência entre transportadoras, o que ocasiona uma redução do custo/km.

O sistema de transporte que mais onera o produtor é justamente o que é mais utilizado, no entanto os produtores estão deixando de lado uma atitude passiva, para determinações mais arrojadas, como é o caso do produtor Blairo Maggi, que construiu com recursos próprios uma hidrovia que lhe gera uma economia de até 20% no custo com transporte.

A hidrovia Madeira-Amazonas, inicia em Porto Velho, Rondônia e tem seu ponto central em Itacoatiara, cidade a beira do Rio Amazonas e a 260 km de Manaus. Para economizar tempo e dinheiro navios europeus e asiáticos navegam 1.100 km Amazonas a dentro para pegar a soja em Itacoatiara.

Contrariando a logística vigente, que leva toda a produção do Centro-Oeste brasileiro aos portos de Paranaguá e Santos, Blairo fez com que os navios economizassem seis dias de viagem ida e volta aos Portos de Santos e de Paranaguá.

As barcaças de 200 metros de comprimento e 33 metros de largura, quando cheias levam no total 16.000 mil toneladas de soja, se utilizasse o transporte rodoviário seriam necessário 600 caminhões graneleiros.