Graves problemas estruturais herdados da época pré-desestatização – obsolescência e precariedade das vias permanentes; elevado número de pontos críticos das linhas, normalmente na transposição de centros urbanos; invasão de faixas de domínio e interligação deficiente com a zonas portuárias – resultam em tempo de trânsito muito elevado e baixa capacidade por eixo.

Notável desequilíbrio entre a demanda e a oferta de transporte, principalmente no que concerne a vagões; desequilíbrio esse que se torna dramático por ocasião das safras, inclusive em conseqüência da demanda de outros segmentos industriais como siderurgia, cimento, celulose e papel, ferro gusa e químicos e derivados de petróleo.

Indefinição quanto à responsabilidade sobre o investimento na via permanente concedida, ao mesmo tempo que as metas de produção estabelecidas nos contratos de concessão não têm sido eficazes como instrumento de indução ao investimento em material rodante e em melhoria da via permanente.

Regulação deficiente transformou o tráfego mútuo num instrumento anacrônico, gerador de custos e ineficiência, trazendo sérios prejuízos aos usuários.

Flagrante desequilíbrio no poder de negociação entre o usuário e o concessionário da ferrovia, levando a cortes unilaterais na disponibilidade do serviço em rotas tradicionais do interior do Estado de São Paulo ao porto de Santos, em franco desrespeito aos usuários que assumiram compromissos de exportação considerando a disponibilidade normal e tradicional.

Também têm ocorrido situações em que as ferrovias alegam falta de condições de trafegabilidade, escassez de material rodante ou elevam deliberadamente as tarifas para patamares muito elevados, com o objetivo de inibir a utilização de determinados trechos, prejudicando os usuários.

Critérios utilizados para o estabelecimento dos fretes máximos (price caps) revelaram-se impróprios, permitindo abusos por parte dos concessionários das ferrovias.

Em resumo, a regulação ainda é deficiente no que diz respeito ao cumprimento dos compromissos assumidos pelos concessionários e ao respeito aos direitos dos usuários. O País optou pela desestatização em conseqüência do caos que acabou se instalando na exploração das ferrovias pelo poder público. Entretanto as características intrínsecas do negócio ferroviário podem levar ao monopólio privado e a resultados igualmente maléficos aos interesses da sociedade, caso não se implante uma regulação eficaz.

O traçado das malhas concedidas, a regulação ainda incipiente e a fragilidade do instituto do tráfego mútuo têm dificultado o funcionamento sistêmico da rede como um todo, resultando em ineficiência e elevação dos custos.

Inexiste solução à vista para a ampliação da rede e correção do seu traçado.

O Orçamento 2004 alocou apenas R$ 109 milhões para as ferrovias, enquanto as estimativas mais prudentes apontam necessidades de mais de R$ 2 bilhões somente para correção dos gargalos físicos mais significativos da via permanente existente.